Facilities

유기적 공동연구를 통한 유전단백체 연구센터의 운영은 이렇게 이루어 집니다.
개별 연구자들의 다양한 단백체 연구 수요에 최적으로 대응, 공동연구를 활성화하기 위해서는 유전체 및 단백체 시료 준비, 시료 분석, 데이터 분석 및 해석 등 전 과정에 걸친 전주기적 유전단백체 및 단백체 연구 솔루션을 제공할 수 있어야 하며, 이를 위해 우리 센터는 다음의 3가지 연구단위를 가지고 있습니다.

1. 시료 준비실

참여 교수 연구실 등에 산재해 있는 시료 준비 장비들을 집적화하여 시료 처리 전 과정을 최적화하고, 동시에 (환자)시료 입고 후, 보관, 전처리, 단백질 추출 및 소화 등 전 과정에 대한 표준작업절차가 수립되어 있습니다.

2. 단백체 분석실

본 센터 연구팀은 다년간 고효율, 고분해능, 고재현성의 단백체 분리기술을 개발하여, 국내특허 8건과 해외특허 9건의 원천기술을 보유하고 있으며, 이 원천기술들이 적용된 5점의 초고압 액체크로마토그래피 장비들을 보유, 세계 최고 수준의 단백체 분리 플랫폼을 구축하고 있습니다. 센터 참여 교수 연구실 등에 산재해 있는 5점의 질량분석장비들을 집적화함으로써 최고 수준의 단백체량분석실을 구축하고, 또한 이러한 LC 시스템과 3점의 최신 첨단질량분석장비를 다양한 조합으로 연계하여 최고 수준의 단백체분석 플렛폼을 구축하여 다양한 단백체 분석 수요에 유연하게 대처하고 있습니다.

3. 질량데이터 분석 서버실

본 센터는 광범위한 단백체를 동정하고 유의미한 변이 또는 수식화 단백질을 찾기 위한 고도의 질량분석데이터 정보기술을 개발, 보유하고 있으며, 공동연구와 분석서비스에 활용하고 있습니다. 특히 유전체 정보기반의 환자별 시료별 단백질데이터베이스를 생산하고 활용하는 데이터 분석 파이프라인을 통합적으로 구축하고 있습니다. 센터 공동연구자들에게 이에 대한 교육을 실시하고, 최신 분석기법을 공유함으로써 생산된 데이터를 공동연구자가 해석할 수 있게 도움을 제공할 것입니다.

Equipments

Q-Exactive

Specification

Dynamic range >5000 : 1
Mass Accuracy Internal: <1ppm RMS;
External: <5ppm RMS
Polarityswitching Full MS: 500fg Buspironeon column S/N 100:1 SIM
Sensitivity 2 x 1/3 HP
Description Q ExactiveBenchtopLC-MS/MS

Q-Exactive HFX

Specification

Resolution 480,000 at m/z 200
Mass range m/z 40–6,000 or up to m/z 8,000 with BioPharma option
Scan rate * Up to 40 Hz at resolution setting 7,500 at m/z 200
Mass accuracy * < 3 ppm with external calibration
< 1 ppm using internal standard, lock masses
Sensitivity MS/MS: 100 fg reserpine on column S/N 150:1
SIM: 50 fg reserpine on column S/N 150:1
Dynamic range > 5,000 within a single spectrum
Polarity switching One full experimental cycle acquired in at >1.4 Hz where the cycle consists of acquiring one full scan MS in positive and negative polarity at a resolution setting of 60,000
Multiplexing Up to 20 precursors per scan

Agilent 6495C

Specification

Mass Range m/z 5 to 3,000
Mass Resolution (Autotune) 0.7 Da
Mass Resolution (Manual Tune) 0.5 Da
Mass Accuracy 0.1 Da from m/z 5 to 1,000
0.01% from m/z 1,000 to 2,000
0.02% from m/z 2,000 to 3,000
Dynamic Range >6.0 × 10^6 (up to six orders of linear dynamic range)
Acquisition and Scan Modes MS1 scan, MS2 scan, product ion scan, neutral loss scan, neutral gain scan, precursor ion scan, SIM, and MRM (static, dynamic, triggered)